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Run: DRR185000
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Run ID: DRR185000

Sample name:

Date: 31-03-2023 07:23:31

Number of reads: 1298938

Percentage reads mapped: 65.96

Strain: lineage1.1.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.99
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;EAI5 RD239 0.99
lineage1.1.1.1 Indo-Oceanic EAI4;ZERO RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7634 c.333C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 0.96
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490972 p.Arg64Ser missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576082 c.735C>T synonymous_variant 1.0
rpoC 762917 c.-453C>G upstream_gene_variant 0.14
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoB 763007 p.Cys1067Trp missense_variant 0.12
rpoC 763022 c.-348C>G upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763053 c.-317T>C upstream_gene_variant 0.15
rpoC 763070 c.-300T>C upstream_gene_variant 0.16
rpoC 763115 c.-255T>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.13
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.15
rpoC 763618 c.249C>G synonymous_variant 0.15
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.14
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763675 c.306C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777581 p.Tyr300* stop_gained 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472286 n.441C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472290 n.445C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472297 n.453_465delGTCCGGGTTCTCT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472315 n.470T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472324 n.479G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472328 n.483G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472434 n.589_590insC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472437 n.592T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472438 n.594delC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472446 n.601T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472450 n.605A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472451 n.606C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472456 n.611T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472460 n.615T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472461 n.616G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472462 n.617T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472467 n.622G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472469 n.625_626insATC non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472473 n.629_631delCGA non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472496 n.651T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472614 n.769G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472701 n.856T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472850 n.1005T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472970 n.1125C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474466 n.809G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474476 n.819C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474483 n.826C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474551 n.894G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474558 n.901G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474709 n.1052_1053insGTAAG non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474709 n.1052G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474712 n.1056_1059delTGTA non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475599 n.1942A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475602 n.1945G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475604 n.1950_1951delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475608 n.1951T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475621 n.1964T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475642 n.1985T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475649 n.1992A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475752 n.2095C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475764 n.2107A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475776 n.2119G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475997 n.2340A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476234 n.2577G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476268 n.2611A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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