Run ID: ERR1063879
Sample name:
Date: 31-03-2023 10:32:10
Number of reads: 2583547
Percentage reads mapped: 90.92
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303104 | c.174G>T | synonymous_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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rrs | 1472544 | n.699C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
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rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
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rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
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tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
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whiB6 | 4338296 | c.225dupG | frameshift_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |