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Run: ERR10796590
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Run ID: ERR10796590

Sample name:

Date: 31-03-2023 11:12:05

Number of reads: 174841

Percentage reads mapped: 99.98

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 8775 p.Asp492Asn missense_variant 0.67
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rrs 1471896 n.51T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1471900 n.55C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472148 n.303T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472701 n.856T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472717 n.872C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472724 n.879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472726 n.881G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473266 n.1421A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473282 n.1438_1440delTAA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473310 n.1465T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475794 n.2137A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475879 n.2222T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1476528 n.2871A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476532 n.2875T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476536 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476542 n.2885T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476548 n.2891T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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