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Run: ERR1750889
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Run ID: ERR1750889

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Date: 31-03-2023 14:58:16

Number of reads: 2924614

Percentage reads mapped: 85.31

Strain: lineage4.4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.4 Euro-American S;T None 1.0
lineage4.4.1 Euro-American (S-type) S;T None 1.0
lineage4.4.1.1 Euro-American S;Orphans None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9138 p.Gln613Glu missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761213 c.1407G>C synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777416 c.1065G>T synonymous_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472053 n.211_212delGC non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472061 n.216A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472256 n.411T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472391 n.546C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472422 n.577T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472507 n.662C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472571 n.726G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472606 n.761C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472682 n.837T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472683 n.838T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472912 n.1067C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472993 n.1148G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
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rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473269 n.1424C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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