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Run: ERR221583

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Run ID: ERR221583

Sample name:

Date: 31-03-2023 16:17:12

Number of reads: 2036499

Percentage reads mapped: 69.16

Strain: lineage4.1.2

Drug-resistance: Sensitive


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.98
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490751 c.-32T>G upstream_gene_variant 0.29
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.97
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417140 p.Ala70Ser missense_variant 0.97
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472214 n.369C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472235 n.390G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472263 n.418C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472582 n.737G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472715 n.870C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472716 n.871C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472733 n.888G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472742 n.897C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473115 n.1270G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473124 n.1279A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475843 n.2186G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
fabG1 1673249 c.-191C>T upstream_gene_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2747022 p.Val193Ile missense_variant 1.0
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ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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Rv3083 3449642 p.Asn380Ser missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fbiA 3641164 p.Ile208Val missense_variant 1.0
embC 4242425 p.Arg855Gly missense_variant 0.41
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
aftB 4268861 c.-25T>C upstream_gene_variant 0.91
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0