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Run: ERR2513348
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Run ID: ERR2513348

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:37:11

Number of reads: 757970

Percentage reads mapped: 94.53

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
pncA 2289252 c.-11A>G upstream_gene_variant 0.11 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6639 c.1405delA frameshift_variant 0.11
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9215 c.1914C>T synonymous_variant 0.12
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9596 c.2295G>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9777 p.Asn826Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762071 p.Asp755Glu missense_variant 0.11
rpoB 762110 c.2304G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762114 p.Ile770Val missense_variant 0.12
rpoB 762122 p.Asp772Glu missense_variant 0.12
rpoB 762125 c.2319G>A synonymous_variant 0.12
rpoB 762126 p.Val774Ser missense_variant 0.12
rpoB 762134 c.2328C>T synonymous_variant 0.13
rpoB 762143 c.2337T>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762149 c.2343G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762153 p.Ile783Val missense_variant 0.86
rpoB 762156 p.Val784Ile missense_variant 0.14
rpoB 762167 c.2361T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762636 p.Lys944Glu missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764181 p.Asp271Gly missense_variant 1.0
rpoC 764560 c.1191T>C synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 777948 p.Pro178Gln missense_variant 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.3
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472752 n.907A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473070 n.1225G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473071 n.1226C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169707 c.906T>C synonymous_variant 0.1
PPE35 2169717 p.Asn299Ile missense_variant 0.14
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.3
PPE35 2170769 c.-157C>T upstream_gene_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289201 p.Cys14Phe missense_variant 0.18
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518612 c.498C>G synonymous_variant 0.12
eis 2715432 c.-100C>T upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065692 p.His167Arg missense_variant 1.0
thyX 3067633 p.Ser105Pro missense_variant 0.11
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475259 p.Val418Ala missense_variant 0.11
fbiB 3642547 p.Gly338Asp missense_variant 0.13
rpoA 3878477 p.Glu11* stop_gained 0.15
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4266958 p.Glu627Lys missense_variant 0.12
ethR 4326961 c.-588G>C upstream_gene_variant 0.11
ethR 4326964 c.-585G>A upstream_gene_variant 0.11
ethR 4326970 c.-579G>T upstream_gene_variant 0.11
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0