TB-Profiler result

Run: ERR3324375
Summary

Run ID: ERR3324375

Sample name:

Date: 01-04-2023 01:51:58

Number of reads: 7489669

Percentage reads mapped: 85.47

Strain: lineage1.1.3.2

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 0.99
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 0.99
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 0.99
lineage1.1.3.2 Indo-Oceanic NA RD239 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39 streptomycin
gid 4407816 c.386delG frameshift_variant 0.99 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 0.99
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8188 p.Leu296Pro missense_variant 0.99
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 0.98
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9612 p.Asp771Asn missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 619695 c.-196G>A upstream_gene_variant 0.99
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 0.98
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 0.98
rpoC 763906 c.537C>T synonymous_variant 0.98
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801166 p.Gly120Ser missense_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 0.98
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472575 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472681 n.838_843delTGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472705 n.860G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472838 n.993A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472846 n.1001C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472847 n.1002G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472858 n.1013_1014insA non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472867 n.1022T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472954 n.1109T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473110 n.1265T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473179 n.1334C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476128 n.2471T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476164 n.2507A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
inhA 1674883 p.Ile228Val missense_variant 0.99
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 0.99
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 0.99
pepQ 2859450 c.969C>T synonymous_variant 0.98
pepQ 2859827 p.Ala198Thr missense_variant 0.99
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 0.98
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.99
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 0.99
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 0.99
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
fbiB 3642173 c.639G>A synonymous_variant 0.99
rpoA 3878687 c.-180A>C upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 0.99
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 1.0
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 0.99
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338547 c.-26A>G upstream_gene_variant 0.22
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 0.99
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407780 c.423G>A synonymous_variant 0.99
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 0.99