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Run: ERR4814709
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Run ID: ERR4814709

Sample name:

Date: 01-04-2023 13:26:49

Number of reads: 447737

Percentage reads mapped: 71.87

Strain: lineage4.1.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 763483 c.114G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763492 c.123G>C synonymous_variant 0.18
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763528 c.159G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 763534 c.165T>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.25
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.25
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.29
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 763618 c.249C>T synonymous_variant 0.22
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.18
rpoC 763636 c.267T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763642 c.273G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763647 p.Gly93Ala missense_variant 0.11
rpoC 763655 p.Glu96Lys missense_variant 0.11
rpoC 763660 c.291T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763669 c.300C>G synonymous_variant 0.13
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.29
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.25
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.22
rpoC 764958 p.Glu530Val missense_variant 0.15
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
rpoC 765309 p.Glu647Gly missense_variant 0.12
rpoC 766070 c.2701C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 777672 p.Ala270Glu missense_variant 0.22
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303462 p.Ala178Thr missense_variant 0.2
fbiC 1303881 c.951G>C synonymous_variant 0.18
atpE 1460849 c.-196G>A upstream_gene_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472123 n.278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472251 n.406G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472535 n.690C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472557 n.712G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
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rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476585 n.2928A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476600 n.2943A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476616 n.2959A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476628 n.2971T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476633 n.2976A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476664 n.3007T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476668 n.3011C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476675 n.3018C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726647 p.Gly152Asp missense_variant 0.12
Rv2752c 3065477 p.Ala239Ser missense_variant 0.17
Rv2752c 3066184 p.Val3Glu missense_variant 0.18
thyA 3074059 p.Ile138Thr missense_variant 0.12
thyA 3074639 c.-168G>A upstream_gene_variant 0.5
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
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fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3475118 p.Asn371Ile missense_variant 0.11
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clpC1 4040576 c.129C>A synonymous_variant 0.22
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whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0