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Run: ERR4816688
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Run ID: ERR4816688

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:34:14

Number of reads: 1773909

Percentage reads mapped: 93.0

Strain: lineage4.2.2.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.2.2 Euro-American (Ural) T;LAM7-TUR None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8688 p.Ala463Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mshA 576077 c.730C>T synonymous_variant 1.0
ccsA 620118 c.228C>T synonymous_variant 0.18
ccsA 620449 p.Leu187Met missense_variant 0.14
rpoB 761489 c.1683G>A synonymous_variant 1.0
rpoC 762926 c.-444C>G upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762929 c.-441G>C upstream_gene_variant 0.13
rpoC 762938 c.-432G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762971 c.-399G>C upstream_gene_variant 0.1
rpoC 765158 p.Gly597Ser missense_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304848 p.Asn640Tyr missense_variant 0.33
fbiC 1304855 p.Val642Ala missense_variant 0.33
fbiC 1304860 p.Lys644Glu missense_variant 0.27
fbiC 1305484 c.2557delC frameshift_variant 0.18
Rv1258c 1407420 c.-80C>A upstream_gene_variant 0.18
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472170 n.325G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472194 n.349G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473366 n.1521T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473408 n.-250C>A upstream_gene_variant 0.12
rrl 1473618 n.-40G>T upstream_gene_variant 0.12
rrl 1473774 n.117G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1473973 n.316T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475417 n.1760G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476614 n.2957A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476629 n.2972C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476630 n.2973A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476661 n.3004A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476665 n.3008T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476675 n.3018C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476695 n.3041dupG non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476719 n.3062C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
fabG1 1674118 p.Glu227* stop_gained 0.15
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102129 p.Val305Glu missense_variant 0.18
PPE35 2170312 c.299_300delTG frameshift_variant 0.15
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518563 p.Ala150Val missense_variant 0.11
pepQ 2859622 p.Pro266Leu missense_variant 0.29
Rv2752c 3066280 c.-89C>T upstream_gene_variant 1.0
thyX 3067530 p.Ala139Val missense_variant 0.14
thyX 3067898 c.48C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
alr 3840746 p.Gln225His missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 0.97
embA 4245682 p.Gly817Ala missense_variant 0.1
embB 4247107 c.597delG frameshift_variant 0.22
embB 4247635 c.1122G>T synonymous_variant 0.12
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0