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Run ID: ERR4817109

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:48:41

Number of reads: 4443041

Percentage reads mapped: 98.72

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Ala missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472498 n.653C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472971 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472972 n.1127T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473291 n.1446_1447insT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474174 n.517A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474186 n.529A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474202 n.545T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474803 n.1146G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474825 n.1168G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475538 n.1881T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475542 n.1885A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475544 n.1887A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475550 n.1893A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475713 n.2056C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475756 n.2101_2108delACCCGCAA non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
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rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476028 n.2372_2375delAACC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476034 n.2377_2378insACAT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476091 n.2434_2435insG non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476188 n.2531C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476523 n.2867delC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 0.99
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169376 p.Asn413Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4248760 c.2247G>A synonymous_variant 1.0
whiB6 4338286 c.234_235dupGG frameshift_variant 1.0
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