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Run: ERR4817368
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Run ID: ERR4817368

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:57:20

Number of reads: 1844220

Percentage reads mapped: 84.76

Strain: lineage4.6.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.3 Euro-American T;LAM None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5554 c.315C>T synonymous_variant 0.11
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8049 p.Ser250Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620072 p.Pro61Leu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776987 c.1493delC frameshift_variant 1.0
mmpS5 778673 p.Pro78Leu missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781616 c.57C>G synonymous_variant 0.1
rpsL 781637 c.78C>T synonymous_variant 0.12
rpsL 781638 c.79_80delAGinsTC synonymous_variant 0.17
rpsL 781643 c.84G>T synonymous_variant 0.15
rpsL 781649 c.90T>C synonymous_variant 0.14
rpsL 781658 c.99A>G synonymous_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472673 n.828T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472687 n.843dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2222544 p.Leu207Phe missense_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086949 p.Ala44Thr missense_variant 0.12
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4242185 p.Asp775Asn missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249093 c.2580G>T synonymous_variant 1.0
aftB 4268573 p.Met88Ile missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0