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Run: ERR4817958
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Run ID: ERR4817958

Sample name:

Date: 01-04-2023 15:17:18

Number of reads: 1826347

Percentage reads mapped: 81.57

Strain: lineage4.2.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.2 Euro-American H;T;LAM None 1.0
lineage4.2.1 Euro-American (TUR) H3;H4 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethA 4326026 c.1447delA frameshift_variant 0.12 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 6712 c.-590G>A upstream_gene_variant 0.13
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7623 p.Pro108Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 762911 c.-459C>T upstream_gene_variant 0.15
rpoC 762956 c.-414G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762962 c.-408C>T upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763780 c.412delT frameshift_variant 0.15
rpoC 765211 c.1842G>T synonymous_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 778998 c.-518G>A upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 0.82
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474896 n.1239A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474905 n.1248T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155371 c.741C>T synonymous_variant 1.0
PPE35 2169879 p.Phe245Cys missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086742 c.-78A>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612113 c.1003dupG frameshift_variant 1.0
rpoA 3878680 c.-173C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249594 c.3081G>A synonymous_variant 1.0
ethA 4328376 c.-903G>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0