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Run: ERR4828514
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Run ID: ERR4828514

Sample name:

Date: 01-04-2023 18:55:40

Number of reads: 1578001

Percentage reads mapped: 88.3

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpsL 781822 p.Lys88Arg missense_variant 1.0 streptomycin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.19
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472803 n.958T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472969 n.1124A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472970 n.1125C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472978 n.1133T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473070 n.1225G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473164 n.1319C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473262 n.1417T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
inhA 1674210 c.9A>C synonymous_variant 1.0
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
fbiB 3641625 p.Ala31Thr missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0