Run ID: ERR4829207
Sample name:
Date: 01-04-2023 19:20:50
Number of reads: 1494564
Percentage reads mapped: 96.68
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472644 | n.799C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 | streptomycin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575907 | p.Ala187Val | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776182 | p.Asp767Asn | missense_variant | 1.0 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472558 | n.713G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472569 | n.724G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472597 | n.752G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472607 | n.762G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472655 | n.810G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472660 | n.815T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472713 | n.868T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472716 | n.871C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472742 | n.897C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472744 | n.899A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472781 | n.936C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472793 | n.948A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472803 | n.958T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472973 | n.1128A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.25 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
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rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476224 | n.2567A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.1 |
rrl | 1476252 | n.2595T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476256 | n.2599A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476260 | n.2603A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 |
rrl | 1476281 | n.2624T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2221889 | p.Val426Ile | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv3236c | 3612813 | p.Thr102Ala | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4243460 | c.228C>T | synonymous_variant | 1.0 |
embA | 4246085 | p.Glu951Asp | missense_variant | 1.0 |
aftB | 4267647 | p.Asp397Gly | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338474 | p.Trp16Cys | missense_variant | 1.0 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 1.0 |
gid | 4408315 | c.-113C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |