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Run: ERR6197028
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Run ID: ERR6197028

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:49:38

Number of reads: 37331

Percentage reads mapped: 12.45

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 0.98
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
mmpS5 778500 p.Tyr136His missense_variant 0.5
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472135 n.290C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472240 n.395G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472242 n.397C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472253 n.408G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472256 n.411T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472544 n.699C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472573 n.728C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472682 n.837T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472694 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472754 n.909G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472836 n.991G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472837 n.992C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472841 n.996G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472844 n.999_1000insAG non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472847 n.1004_1005delCT non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472873 n.1028C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472874 n.1029C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472878 n.1033G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472880 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472887 n.1042G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474294 n.637C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474311 n.654_655insT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474337 n.680A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475517 n.1860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475539 n.1882A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475540 n.1883C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475545 n.1888T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475550 n.1893A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475551 n.1894T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475555 n.1898T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475564 n.1907C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475574 n.1917C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475576 n.1919C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476262 n.2605G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476299 n.2642C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476308 n.2651G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
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