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Run ID: ERR6197039

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:50:06

Number of reads: 1886791

Percentage reads mapped: 96.08

Strain: lineage4.3.4.2

Drug-resistance: MDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.2 Euro-American (LAM) LAM1;LAM4;LAM11 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 0.98 rifampicin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288852 c.375_389delCGATGAGGTCGATGT disruptive_inframe_deletion 1.0 pyrazinamide
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6140 p.Val301Leu missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 761030 c.1224G>C synonymous_variant 0.17
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761051 c.1245G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.1
rpoC 764918 p.Val517Leu missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 0.98
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302739 c.-192C>G upstream_gene_variant 0.2
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1476262 n.2605G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rpsA 1833469 c.-73G>T upstream_gene_variant 1.0
rpsA 1834935 p.Ala465Val missense_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
alr 3840719 c.702A>G synonymous_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243275 p.Leu15Ile missense_variant 0.18
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407970 p.Pro78Leu missense_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0