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Run: ERR9117781
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Run ID: ERR9117781

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Date: 02-04-2023 09:31:15

Number of reads: 889756

Percentage reads mapped: 93.57

Strain: lineage3.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1.3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620748 c.858T>G synonymous_variant 0.29
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
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rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
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rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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