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Run: ERR9117806

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Run ID: ERR9117806

Sample name:

Date: 02-04-2023 09:31:51

Number of reads: 1337356

Percentage reads mapped: 74.65

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.25
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.12
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 800752 c.-57G>A upstream_gene_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472107 n.262A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472181 n.336G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472222 n.377G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472412 n.567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472572 n.727T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474483 n.826C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474496 n.839C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474506 n.849C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474528 n.871T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474540 n.883T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474541 n.884G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474551 n.894G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474674 n.1018delC non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474797 n.1140G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474799 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474801 n.1144G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475762 n.2105G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475897 n.2240T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475900 n.2243A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475938 n.2281C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
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