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Run: SRR11662417
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Run ID: SRR11662417

Sample name:

Date: 25-01-2024 04:18:50

Number of reads: NA

Percentage reads mapped: NA

Strain: lineage2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.1 East-Asian (non-Beijing) None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.99 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2288973 p.Ile90Ser missense_variant 1.0 pyrazinamide
folC 2747480 p.Glu40Gly missense_variant 1.0 para-aminosalicylic_acid
embB 4247431 p.Met306Ile missense_variant 1.0 ethambutol
gid 4407985 p.Gly73Ala missense_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5383 c.144G>A synonymous_variant 0.99
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 761308 c.1503_1523dupCCCGTTCGGGTTCATCGAAAC disruptive_inframe_insertion 0.99
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 765121 c.1752G>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303146 c.216G>C synonymous_variant 0.14
fbiC 1304443 p.Ala505Thr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472229 n.384C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472234 n.389T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472271 n.426T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472518 n.673G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472575 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472970 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472971 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472973 n.1129_1130delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474758 n.1101G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476165 n.2508T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065616 c.576C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
ddn 3987084 p.Gly81Ser missense_variant 1.0
clpC1 4039538 c.1167C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4040841 c.-138delG upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246088 c.-426A>G upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0