Run ID: SRR12006095
Sample name:
Date: 03-04-2023 05:48:50
Number of reads: 6716650
Percentage reads mapped: 78.77
Strain: lineage4.9
Drug-resistance: Sensitive
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.9 | Euro-American (H37Rv-like) | T1 | None | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1473147 | n.1302G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1473150 | n.1305T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1473158 | n.1313T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
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rrs | 1473164 | n.1319C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.16 |
rrs | 1473172 | n.1327T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrs | 1473173 | n.1328C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.21 |
rrs | 1473188 | n.1343T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1473201 | n.1356A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
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PPE35 | 2170598 | c.15G>A | synonymous_variant | 1.0 |