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Run: SRR19304109
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Run ID: SRR19304109

Sample name:

Date: 03-04-2023 21:24:37

Number of reads: 1894670

Percentage reads mapped: 90.65

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9344 p.Ile681Met missense_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.26
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303844 p.Ala305Val missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472682 n.837T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472683 n.838T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472690 n.845C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474001 n.344C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475999 n.2342G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065179 p.Ser338Leu missense_variant 1.0
fbiD 3339734 p.Ala206Gly missense_variant 0.53
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4246584 p.Arg24Pro missense_variant 0.25
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407678 c.525G>C synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0