Run ID: SRR19304109
Sample name:
Date: 03-04-2023 21:24:37
Number of reads: 1894670
Percentage reads mapped: 90.65
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 | streptomycin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9344 | p.Ile681Met | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.26 |
rpoC | 764582 | p.Leu405Met | missense_variant | 0.11 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fbiC | 1303844 | p.Ala305Val | missense_variant | 1.0 |
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Rv3083 | 3448507 | c.5_*1408del | frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant | 1.0 |