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Run: SRR21728726
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Run ID: SRR21728726

Sample name:

Date: 04-04-2023 03:22:56

Number of reads: 2266247

Percentage reads mapped: 83.95

Strain: lineage1.2.1.2.1

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.2.1 Indo-Oceanic EAI2 RD239 1.0
lineage1.2.1.2 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
lineage1.2.1.2.1 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58 streptomycin
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 1.0 isoniazid, ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9260 c.1959G>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575368 c.21T>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763531 c.162G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406082 c.1259G>A splice_region_variant&stop_retained_variant 1.0
Rv1258c 1406312 c.1029T>C synonymous_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
atpE 1460907 c.-138T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472379 n.534T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472584 n.739A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472687 n.842A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472835 n.991delG non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472838 n.993A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472842 n.996_997insT non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472845 n.1000G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472859 n.1014G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472860 n.1015C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472873 n.1028_1029insA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472876 n.1032delT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473089 n.1244A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473091 n.1246G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473094 n.1249T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473100 n.1255G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473102 n.1257C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473107 n.1262G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473109 n.1264T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473110 n.1265T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473120 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473123 n.1278A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473274 n.1429C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473280 n.1435G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473290 n.1445C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473291 n.1446G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473303 n.1458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1474639 n.982G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476126 n.2469C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
inhA 1674162 c.-40C>T upstream_gene_variant 0.98
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 0.99
kasA 2519048 p.Gly312Ser missense_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiD 3339417 c.300A>G synonymous_variant 1.0
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
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whiB7 3568488 c.191delG frameshift_variant 0.99
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clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
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embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
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aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
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gid 4408093 p.Gly37Glu missense_variant 1.0