TB-Profiler result

Run: SRR6045537
Summary

Run ID: SRR6045537

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:00:59

Number of reads: 1202486

Percentage reads mapped: 82.86

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Pre-XDR-TB

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 1.0
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7572 p.Ser91Pro missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpoC 764724 p.Phe452Ser missense_variant 0.98 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
pncA 2289072 p.His57Arg missense_variant 1.0 pyrazinamide
eis 2715342 c.-10G>A upstream_gene_variant 1.0 kanamycin
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764605 c.1236G>C synonymous_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 777508 p.Ser325Arg missense_variant 0.97
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472285 n.440A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472289 n.444T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472290 n.445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472293 n.448C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472295 n.450A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472297 n.453_454insCCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472314 n.469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472325 n.480G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472330 n.485G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472338 n.493A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472560 n.715G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472583 n.738T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1473625 n.-33T>C upstream_gene_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474315 n.658A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474355 n.698A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474437 n.781_782delAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474694 n.1037C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474722 n.1065T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475018 n.1361G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475026 n.1369G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475892 n.2235A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726269 p.Val26Gly missense_variant 0.2
ald 3086731 c.-89A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448318 c.-186G>A upstream_gene_variant 0.11
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243346 c.114A>G synonymous_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ethA 4327472 c.2T>G start_lost 1.0
whiB6 4338371 p.Thr51Pro missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0