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Run: SRR6045992
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Run ID: SRR6045992

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:09:11

Number of reads: 1933538

Percentage reads mapped: 84.26

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576751 p.Lys468Asn missense_variant 0.28
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 0.96
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471647 n.-199G>A upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472700 n.855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472955 n.1110C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472956 n.1111T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472977 n.1132G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472990 n.1145A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472991 n.1146G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473288 n.1443C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476543 n.2886G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154417 c.1695G>T synonymous_variant 0.98
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169639 p.Gly325Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726338 p.Val49Gly missense_variant 0.26
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449902 p.Glu467* stop_gained 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039667 p.Gln346His missense_variant 1.0
clpC1 4040210 c.495G>A synonymous_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4269768 c.-932C>G upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0