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Run: SRR6046173
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Run ID: SRR6046173

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:12:28

Number of reads: 688150

Percentage reads mapped: 88.72

Strain: lineage3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762051 p.His749Tyr missense_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764547 p.Gly393Glu missense_variant 0.11
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304551 p.Gly541Ser missense_variant 0.11
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472130 n.285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473290 n.1445C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1473609 n.-49G>C upstream_gene_variant 1.0
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474634 n.977T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474640 n.983C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474709 n.1052G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476728 n.3071T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
inhA 1674737 p.Ala179Val missense_variant 0.13
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
folC 2747259 p.Pro114Ala missense_variant 0.12
pepQ 2859980 p.Cys147Arg missense_variant 0.13
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3449155 p.Phe218Leu missense_variant 0.22
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3877823 p.Ala229Thr missense_variant 0.11
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4328293 c.-820C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0