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Run: SRR6046517
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Run ID: SRR6046517

Sample name:

Date: 04-04-2023 12:18:19

Number of reads: 1039393

Percentage reads mapped: 57.39

Strain: lineage4.8

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
ethA 4327154 c.-1043_319del frameshift_variant&start_lost 1.0 ethionamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6060 p.Ser274Asn missense_variant 1.0
gyrA 7141 c.-161T>C upstream_gene_variant 0.17
gyrB 7145 p.Val636Leu missense_variant 0.17
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
mshA 575746 c.399C>G synonymous_variant 0.11
mshA 575772 p.Val142Ala missense_variant 0.1
mshA 575779 c.432A>G synonymous_variant 0.11
mshA 576193 c.846T>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761612 c.1806G>A synonymous_variant 0.13
rpoB 761615 c.1809A>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761624 c.1818G>A synonymous_variant 0.14
rpoB 761627 c.1821C>T synonymous_variant 0.14
rpoB 761633 c.1827G>T synonymous_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303144 p.Ser72Pro missense_variant 0.13
atpE 1460855 c.-190_-189insC upstream_gene_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471783 n.-63C>T upstream_gene_variant 0.13
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1473089 n.1244A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473109 n.1264T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1473916 n.259C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473922 n.265A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1473923 n.266C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474310 n.653T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474869 n.1212G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474892 n.1235G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1475776 n.2119G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475783 n.2126T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475803 n.2146T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475804 n.2147G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475858 n.2201T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1475866 n.2209T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476252 n.2595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1476267 n.2610G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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