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Run: SRR6981983
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Run ID: SRR6981983

Sample name:

Date: 04-04-2023 18:23:46

Number of reads: 192095

Percentage reads mapped: 75.93

Strain: lineage3.1.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage3 East-African-Indian CAS RD750 1.0
lineage3.1 East-African-Indian Non-CAS1-Delhi RD750 1.0
lineage3.1.1 East-African-Indian CAS1-Kili RD750 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304826 c.1900delT frameshift_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472836 n.991G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472837 n.992_993insTCTG non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472861 n.1016G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472875 n.1030T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472969 n.1125_1126delCG non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472974 n.1129A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474740 n.1083G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474747 n.1090C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474797 n.1140_1141insTATA non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474800 n.1144_1147delGTGC non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475707 n.2050T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475713 n.2056C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476135 n.2478T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476214 n.2557G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476596 n.2939C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476601 n.2944G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476607 n.2950C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476614 n.2957A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rpsA 1833688 p.Asp49Glu missense_variant 0.15
rpsA 1834175 p.Arg212* stop_gained 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2170461 p.Gly51Glu missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726105 c.-88G>A upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3064752 c.1440A>G synonymous_variant 0.12
Rv2752c 3064817 p.Asp459Asn missense_variant 0.12
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474278 p.Gly91Asp missense_variant 0.18
rpoA 3877516 p.Ser331* stop_gained 0.2
ddn 3986908 p.Ser22* stop_gained 0.12
clpC1 4038359 c.2346A>G synonymous_variant 0.18
clpC1 4040534 p.Glu57Asp missense_variant 0.22
embC 4239826 c.-37T>C upstream_gene_variant 0.18
embC 4240172 p.Val104Met missense_variant 1.0
embC 4241562 p.Arg567His missense_variant 1.0
embC 4242075 p.Arg738Gln missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0