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Run: ERR2513223

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Run ID: ERR2513223

Sample name:

Date: 31-03-2023 19:32:16

Number of reads: 831856

Percentage reads mapped: 91.84

Strain: lineage4.1.2.1

Drug-resistance: Other


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.2 Euro-American T;H None 1.0
lineage4.1.2.1 Euro-American (Haarlem) T1;H1 RD182 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9569 c.2268C>T synonymous_variant 1.0
fgd1 491591 p.Lys270Met missense_variant 1.0
mshA 575237 c.-111C>A upstream_gene_variant 0.11
mshA 575423 p.Arg26Cys missense_variant 1.0
mshA 575679 p.Asn111Ser missense_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.28
rpoB 760115 c.309C>T synonymous_variant 1.0
rpoB 761058 p.Val418Thr missense_variant 0.15
rpoB 761088 c.1282_1283delAGinsTC synonymous_variant 0.12
rpoB 761096 c.1290G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761102 c.1296A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763483 c.114G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763486 c.117T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 763492 c.123G>C synonymous_variant 0.11
rpoC 763507 c.138G>C synonymous_variant 0.1
rpoC 763537 c.168C>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763546 c.177A>G synonymous_variant 0.12
rpoC 763550 p.Tyr61Ala missense_variant 0.12
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.14
rpoC 763585 c.216C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763589 p.Ile74Val missense_variant 0.12
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 778478 c.3G>T start_lost 0.11
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.27
Rv1258c 1406523 p.Val273Ala missense_variant 0.12
atpE 1461077 c.33C>A synonymous_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472133 n.288G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472687 n.842_843insC non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473150 n.1305T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473161 n.1316A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473201 n.1356A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473226 n.1381C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473283 n.1438T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473284 n.1439A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474183 n.527delC non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.8
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rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474353 n.696A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
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rrl 1474437 n.781_782delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
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rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475059 n.1403_1404insTA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475062 n.1405A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475065 n.1409_1411delCAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475080 n.1425_1426delCC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475754 n.2097G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475763 n.2107_2108delAA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475774 n.2117C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rpsA 1833874 c.333T>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1833905 p.Lys122Glu missense_variant 0.1
rpsA 1833949 c.408T>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1833952 c.411C>T synonymous_variant 0.14
rpsA 1833955 c.414G>C synonymous_variant 0.14
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.19
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.19
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.19
rpsA 1834285 c.744G>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.19
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.18
rpsA 1834303 c.762T>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1834307 p.Asp256Asn missense_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2102268 p.Val259Ile missense_variant 0.2
ndh 2102278 p.Asn255Lys missense_variant 0.14
ndh 2102282 p.Arg254Tyr missense_variant 0.14
katG 2156489 c.-378C>T upstream_gene_variant 0.13
PPE35 2167883 c.2730C>A synonymous_variant 0.11
PPE35 2170136 c.477G>A synonymous_variant 0.13
Rv1979c 2222906 p.Gly87Arg missense_variant 0.11
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289655 c.-414G>A upstream_gene_variant 0.11
kasA 2518076 c.-39C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474143 p.Trp46Tyr missense_variant 0.27
fprA 3474165 c.159C>G synonymous_variant 0.1
Rv3236c 3612511 p.Trp202Cys missense_variant 0.12
alr 3841546 c.-126C>A upstream_gene_variant 0.23
clpC1 4038846 p.Ser620* stop_gained 0.11
clpC1 4039406 c.1299G>A synonymous_variant 0.13
clpC1 4039676 c.1029G>A synonymous_variant 0.11
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embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4246516 c.3G>A start_lost 0.12
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embB 4246567 c.54G>T synonymous_variant 0.12
embB 4249766 p.Arg1085Cys missense_variant 0.13
ethR 4327999 p.Ala151Thr missense_variant 0.14
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407559 p.Ser215* stop_gained 0.11