Run ID: ERR2514106
Sample name:
Date: 31-03-2023 20:07:28
Number of reads: 1910092
Percentage reads mapped: 98.97
Strain: lineage3
Drug-resistance: Pre-XDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage3 | East-African-Indian | CAS | RD750 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
gyrA | 7581 | p.Asp94Tyr | missense_variant | 1.0 | ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin |
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1472359 | n.514A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 1.0 | streptomycin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
embB | 4247431 | p.Met306Ile | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 759746 | c.-61C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 762434 | c.-936T>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 764931 | p.Ala521Asp | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 777119 | p.His454Gln | missense_variant | 0.13 |
mmpL5 | 777122 | c.1359C>T | synonymous_variant | 0.13 |
mmpL5 | 777128 | c.1353A>G | synonymous_variant | 0.13 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.23 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472557 | n.712G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.11 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472570 | n.725G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.13 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472599 | n.754G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472612 | n.767G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrs | 1472616 | n.771G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472658 | n.813G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472895 | n.1050C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.5 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.7 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1473088 | n.1243A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.38 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1473769 | n.112T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 |
rrl | 1475133 | n.1479delG | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476381 | n.2724G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
rrl | 1476428 | n.2771C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476429 | n.2772A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.15 |
rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.3 |
rrl | 1476561 | n.2904C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.9 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2222038 | p.Gly376Ala | missense_variant | 1.0 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
pncA | 2289047 | c.195C>T | synonymous_variant | 1.0 |
pncA | 2289365 | c.-125delC | upstream_gene_variant | 1.0 |
ahpC | 2726105 | c.-88G>A | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242075 | p.Arg738Gln | missense_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
gid | 4407967 | p.Leu79Trp | missense_variant | 1.0 |