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Run: ERR2660524
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Run ID: ERR2660524

Sample name:

Date: 31-03-2023 22:54:14

Number of reads: 2821581

Percentage reads mapped: 90.53

Strain: lineage1.1.3.2

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3.2 Indo-Oceanic NA RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
gid 4408100 c.102delG frameshift_variant 1.0 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5078 c.-162_-161insG upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8188 p.Leu296Pro missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490848 c.66A>G synonymous_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 619695 c.-196G>A upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801166 p.Gly120Ser missense_variant 0.99
fbiC 1303563 p.Met211Ile missense_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472669 n.824_825insTAGA non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472678 n.833T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472679 n.834T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472682 n.839_843delGGGAT non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472953 n.1108_1109insA non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472970 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472971 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472973 n.1129_1130delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473097 n.1252G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473111 n.1266A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473115 n.1270G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473127 n.1282G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476195 n.2538C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476196 n.2539C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476204 n.2547C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476210 n.2553G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476211 n.2554G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476215 n.2558C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476517 n.2860C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
inhA 1674883 p.Ile228Val missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
PPE35 2168416 p.Gly733Arg missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
folC 2746980 p.Ala207Thr missense_variant 1.0
Rv2752c 3064632 c.1560C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 0.99
Rv3083 3448714 p.Asp71His missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 0.99
fprA 3474597 c.591C>A synonymous_variant 1.0
fprA 3475159 p.Asn385Asp missense_variant 1.0
fbiB 3642173 c.639G>A synonymous_variant 1.0
fbiB 3642780 p.Val416Ile missense_variant 1.0
rpoA 3878687 c.-180A>C upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4040517 p.Val63Ala missense_variant 1.0
embC 4240671 p.Thr270Ile missense_variant 0.99
embC 4241042 p.Asn394Asp missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243848 p.Val206Met missense_variant 1.0
embA 4245969 p.Pro913Ser missense_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338603 c.-82C>T upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407780 c.423G>A synonymous_variant 1.0
gid 4407873 c.330G>T synonymous_variant 1.0