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Run: ERR4816232
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Run ID: ERR4816232

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:18:46

Number of reads: 212871

Percentage reads mapped: 52.88

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762200 c.2394C>T synonymous_variant 0.33
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.29
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.33
rpoB 762266 c.2460T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763689 p.Phe107Tyr missense_variant 0.33
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.75
rpoC 764644 c.1275G>T synonymous_variant 0.4
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.4
rpoC 764656 c.1287C>A synonymous_variant 0.4
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764664 p.Val432Gly missense_variant 0.33
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764703 p.Lys445Ser missense_variant 0.38
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.38
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.43
rpoC 766215 p.Ile949Asn missense_variant 0.33
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776857 p.Leu542Phe missense_variant 0.33
mmpL5 777243 p.Thr413Ser missense_variant 0.67
mmpL5 778692 c.-212C>T upstream_gene_variant 0.4
rpsL 781376 c.-184C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781469 c.-91C>T upstream_gene_variant 0.18
fbiC 1305070 p.Asp714Asn missense_variant 0.25
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
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rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
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rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
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