TB-Profiler result

Run: ERR4816232

Summary

Run ID: ERR4816232

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:18:46

Number of reads: 212871

Percentage reads mapped: 52.88

Strain: lineage4

Drug-resistance: Other


Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762200 c.2394C>T synonymous_variant 0.33
rpoB 762233 c.2427G>C synonymous_variant 0.29
rpoB 762245 c.2439G>C synonymous_variant 0.33
rpoB 762266 c.2460T>C synonymous_variant 0.29
rpoC 763689 p.Phe107Tyr missense_variant 0.33
rpoC 764635 c.1266C>G synonymous_variant 0.75
rpoC 764644 c.1275G>T synonymous_variant 0.4
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.4
rpoC 764656 c.1287C>A synonymous_variant 0.4
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764664 p.Val432Gly missense_variant 0.33
rpoC 764671 c.1302G>C synonymous_variant 0.5
rpoC 764692 c.1323C>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764703 p.Lys445Ser missense_variant 0.38
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.38
rpoC 764713 c.1344G>C synonymous_variant 0.43
rpoC 766215 p.Ile949Asn missense_variant 0.33
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776857 p.Leu542Phe missense_variant 0.33
mmpL5 777243 p.Thr413Ser missense_variant 0.67
mmpL5 778692 c.-212C>T upstream_gene_variant 0.4
rpsL 781376 c.-184C>T upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781469 c.-91C>T upstream_gene_variant 0.18
fbiC 1305070 p.Asp714Asn missense_variant 0.25
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472150 n.305T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472708 n.863T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473147 n.1302G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473215 n.1370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474275 n.618T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474643 n.986A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475104 n.1447T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475109 n.1452C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475124 n.1467A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475137 n.1480A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475171 n.1514C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475175 n.1518G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475499 n.1842C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475518 n.1861A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475521 n.1864T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475526 n.1869C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475529 n.1872A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475532 n.1875A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475538 n.1881T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475548 n.1891C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475549 n.1892T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475655 n.1998T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475659 n.2002G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475686 n.2029C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475696 n.2039T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475703 n.2046A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475715 n.2058G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476194 n.2537A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476207 n.2550T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476235 n.2578A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476443 n.2786G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476455 n.2798C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rpsA 1833748 c.207C>T synonymous_variant 0.29
rpsA 1834249 c.708T>C synonymous_variant 0.33
rpsA 1834258 c.717G>A synonymous_variant 0.29
rpsA 1834261 c.720A>G synonymous_variant 0.43
rpsA 1834264 c.723G>C synonymous_variant 0.43
rpsA 1834294 c.753G>C synonymous_variant 0.3
rpsA 1834298 p.Gln253Glu missense_variant 0.3
rpsA 1834306 c.765T>C synonymous_variant 0.33
rpsA 1834307 p.Asp256Gln missense_variant 0.33
rpsA 1834312 c.771G>A synonymous_variant 0.33
rpsA 1834327 c.786G>T synonymous_variant 0.33
rpsA 1834345 c.804C>T synonymous_variant 0.17
rpsA 1834346 p.Arg269Cys missense_variant 0.17
rpsA 1834354 c.813G>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1834357 c.816T>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1834360 c.819G>C synonymous_variant 0.17
rpsA 1834361 c.820T>C synonymous_variant 0.15
rpsA 1834366 c.825A>G synonymous_variant 0.15
rpsA 1834375 c.834G>C synonymous_variant 0.17
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918156 p.Ala73Thr missense_variant 0.4
ndh 2101831 c.1212G>C synonymous_variant 0.25
katG 2156462 c.-351T>C upstream_gene_variant 0.5
PPE35 2169383 c.1230C>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170188 p.Glu142Gly missense_variant 0.5
Rv1979c 2222648 p.Ala173Thr missense_variant 0.29
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
folC 2746711 c.888A>G synonymous_variant 0.18
ribD 2987328 p.Ala164Thr missense_variant 0.25
Rv2752c 3064750 p.Arg481His missense_variant 0.29
Rv2752c 3065398 p.Ser265Leu missense_variant 0.29
thyA 3074102 p.Asp124Asn missense_variant 0.33
thyA 3074511 c.-40C>T upstream_gene_variant 0.29
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087770 c.951G>A synonymous_variant 0.18
Rv3083 3448393 c.-111G>A upstream_gene_variant 0.22
Rv3083 3448855 p.Val118Ile missense_variant 0.25
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474524 p.Leu173Ser missense_variant 0.22
fbiB 3641793 p.Ala87Thr missense_variant 0.33
rpoA 3878169 c.339G>A synonymous_variant 0.29
ddn 3987164 c.321G>A synonymous_variant 0.2
clpC1 4040015 p.Ala230Ser missense_variant 0.4
clpC1 4040021 c.684A>C synonymous_variant 0.4
clpC1 4040024 c.681A>G synonymous_variant 0.4
clpC1 4040033 c.672G>C synonymous_variant 0.5
clpC1 4040045 c.660C>G synonymous_variant 0.5
clpC1 4040063 c.642G>C synonymous_variant 0.5
clpC1 4040066 c.639G>T synonymous_variant 0.5
clpC1 4040069 c.636G>C synonymous_variant 0.5
panD 4043880 c.402C>T synonymous_variant 0.33
embC 4239679 c.-184T>C upstream_gene_variant 0.25
embC 4240349 p.Arg163Trp missense_variant 0.25
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244647 p.Arg472Gln missense_variant 0.4
embA 4244690 c.1458G>A synonymous_variant 0.25
embA 4245271 p.Arg680Gln missense_variant 0.22
aftB 4269000 c.-164G>A upstream_gene_variant 0.33
ubiA 4269355 p.Arg160His missense_variant 0.29
ubiA 4269448 p.Val129Asp missense_variant 0.67
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408214 c.-12G>A upstream_gene_variant 0.15
gid 4408358 c.-156C>G upstream_gene_variant 1.0