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Run: ERR4816818
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Run ID: ERR4816818

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:38:46

Number of reads: 5662995

Percentage reads mapped: 97.65

Strain: lineage4.8.2

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.8 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
lineage4.8.2 Euro-American (mainly T) T1;T2;T3;T5 RD219 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 8135 c.834C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776891 p.Gln530His missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472574 n.729T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472958 n.1113A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474831 n.1174A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476179 n.2522C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476204 n.2547C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476357 n.2700T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168149 p.Pro822Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065011 p.Met394Thr missense_variant 1.0
Rv3083 3448497 c.-7T>A upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039729 p.Asp326Asn missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
Rv3083 3448507 c.5_*1408del frameshift_variant&stop_lost&splice_region_variant 1.0