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Run: ERR4816883
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Run ID: ERR4816883

Sample name:

Date: 01-04-2023 14:41:15

Number of reads: 3301497

Percentage reads mapped: 92.04

Strain: lineage4.5

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 8696 c.1395G>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406101 p.Pro414Ser missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472681 n.837_838delTT non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473288 n.1443C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1473388 n.-270G>T upstream_gene_variant 0.13
rrl 1474181 n.524C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474199 n.542G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474774 n.1117A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475715 n.2058G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1475751 n.2094C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475753 n.2096C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475767 n.2110_2111insT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1475902 n.2245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476227 n.2570C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2170568 p.Ile15Met missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
Rv2752c 3065493 c.699G>A synonymous_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878575 c.-68C>T upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338646 c.-125A>T upstream_gene_variant 1.0