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Run: ERR4819093
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Run ID: ERR4819093

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Date: 01-04-2023 15:55:13

Number of reads: 441635

Percentage reads mapped: 71.49

Strain: lineage4.3.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.3 Euro-American (LAM) LAM;T RD115 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
pncA 2289084 p.Asp53Ala missense_variant 0.17 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5359 c.120C>T synonymous_variant 0.14
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 7850 c.549C>G synonymous_variant 1.0
gyrA 8040 p.Gly247Ser missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 490977 c.195C>A synonymous_variant 0.18
ccsA 619734 c.-157C>A upstream_gene_variant 1.0
rpoB 762556 p.Pro917Gln missense_variant 0.25
rpoC 763366 c.-4T>C upstream_gene_variant 0.25
rpoC 763570 c.201G>C synonymous_variant 0.17
rpoC 763578 p.Phe70Tyr missense_variant 0.15
rpoC 763597 c.228G>A synonymous_variant 0.15
rpoC 763598 p.Arg77Lys missense_variant 0.14
rpoC 763603 c.234C>T synonymous_variant 0.14
rpoC 763606 c.237C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 763609 c.240C>T synonymous_variant 0.21
rpoC 763615 c.246G>C synonymous_variant 0.14
rpoC 763618 c.249C>G synonymous_variant 0.14
rpoC 763622 p.Ala85Ser missense_variant 0.21
rpoC 763642 c.273G>T synonymous_variant 0.27
rpoC 763648 c.279C>T synonymous_variant 0.2
rpoC 763654 c.285C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763657 p.Glu96Asp missense_variant 0.2
rpoC 763663 c.294C>T synonymous_variant 0.12
rpoC 763666 c.297G>C synonymous_variant 0.24
rpoC 763699 c.330G>T synonymous_variant 0.24
rpoC 763708 c.339G>A synonymous_variant 0.12
rpoC 763717 c.348T>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.33
rpoC 764626 c.1257C>T synonymous_variant 0.33
rpoC 764632 c.1263T>C synonymous_variant 0.33
rpoC 764647 c.1278C>T synonymous_variant 0.29
rpoC 764650 c.1281G>C synonymous_variant 0.29
rpoC 764656 c.1287C>T synonymous_variant 0.22
rpoC 764662 c.1293G>C synonymous_variant 0.2
rpoC 764677 c.1308C>G synonymous_variant 0.17
rpoC 764678 p.Lys437Gln missense_variant 0.17
rpoC 764706 p.Leu446Gln missense_variant 0.25
rpoC 764713 c.1344G>T synonymous_variant 0.25
rpoC 764815 c.1446A>G synonymous_variant 0.18
rpoC 764901 p.Ala511Val missense_variant 0.12
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rpoC 766159 c.2790C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 766485 p.Val1039Ala missense_variant 0.17
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 778964 c.-484T>A upstream_gene_variant 0.17
mmpL5 779379 c.-899C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
Rv1258c 1406943 c.397_398insGC frameshift_variant 0.11
Rv1258c 1406946 p.Ala132Gly missense_variant 0.11
Rv1258c 1406948 c.391_392delGC frameshift_variant 0.11
embR 1417453 c.-106G>A upstream_gene_variant 0.12
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471758 n.-88G>A upstream_gene_variant 0.29
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472498 n.653C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472670 n.825G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472673 n.828T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472674 n.829T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472675 n.830T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472675 n.830T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1472677 n.832C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472677 n.832C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472755 n.910G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472785 n.940G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472951 n.1106T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472982 n.1137G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.84
rrs 1473001 n.1156G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473002 n.1157G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473008 n.1163C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473009 n.1164T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.97
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473293 n.1449delA non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474627 n.970G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474658 n.1001A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474673 n.1016T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474711 n.1054G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474712 n.1055G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474715 n.1060_1061delAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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