TB-Profiler result

Run: ERR4821879
Summary

Run ID: ERR4821879

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:30:27

Number of reads: 2065258

Percentage reads mapped: 86.06

Strain: lineage4.6.1.1

Drug-resistance: Other

Download CSV Download TXT Download PDF Download JSON
Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.6 Euro-American T;LAM None 1.0
lineage4.6.1 Euro-American (Uganda) T2 RD724 1.0
lineage4.6.1.1 Euro-American T2-Uganda RD724 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7539 p.Thr80Ala missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472333 n.488G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472389 n.544G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472390 n.545T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472391 n.546C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.77
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.76
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472974 n.1129A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473008 n.1163C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473038 n.1193A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1473070 n.1225G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473071 n.1226C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474264 n.607T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474495 n.838G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476154 n.2497G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476513 n.2856G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embC 4240342 c.480C>T synonymous_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
ethA 4328329 c.-856C>G upstream_gene_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0