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Run: ERR4822280
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Run ID: ERR4822280

Sample name:

Date: 01-04-2023 17:44:22

Number of reads: 2397135

Percentage reads mapped: 82.49

Strain: lineage4.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 1.0
lineage4.1.3 Euro-American T;X;H None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9557 c.2256G>C synonymous_variant 1.0
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781421 c.-139C>A upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304610 c.1680C>T synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472498 n.653C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.95
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.99
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.98
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.94
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473150 n.1305T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473199 n.1356delA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474199 n.542G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474202 n.545T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476165 n.2508T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476337 n.2680C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476583 n.2926G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476629 n.2972C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0