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Run: ERR4831763
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Run ID: ERR4831763

Sample name:

Date: 01-04-2023 21:06:26

Number of reads: 1965876

Percentage reads mapped: 95.1

Strain: lineage4.5;lineage2.2

Drug-resistance: HR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 0.98
lineage4.5 Euro-American H;T RD122 0.91
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.06
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
fabG1 1673425 c.-15C>T upstream_gene_variant 0.93 isoniazid, ethionamide
inhA 1674263 p.Ile21Thr missense_variant 0.93 isoniazid, ethionamide
gid 4408087 c.115delC frameshift_variant 0.95 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 0.98
gyrA 7892 c.591G>A synonymous_variant 0.94
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
ccsA 620029 c.139C>T synonymous_variant 0.88
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 0.12
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 0.1
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 0.12
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 0.22
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 0.12
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302778 c.-153G>A upstream_gene_variant 0.89
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471922 n.78delT non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471925 n.80T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471931 n.87delA non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1471985 n.140T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1471986 n.141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472153 n.308G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472262 n.417C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472302 n.457G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472612 n.767G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472846 n.1001C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472847 n.1002G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472848 n.1003T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472860 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472861 n.1016G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473105 n.1260G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1473746 n.89T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1473756 n.99G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473758 n.101G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1473770 n.113T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474066 n.409G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474091 n.434C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474130 n.473C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474140 n.483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474151 n.494C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474181 n.524_525insT non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474184 n.527C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474282 n.625G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474626 n.969T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1474709 n.1052G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474743 n.1086T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474932 n.1275C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475031 n.1374G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475061 n.1406delA non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475076 n.1419C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475090 n.1433A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475114 n.1457C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475120 n.1463G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475315 n.1658A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475343 n.1686A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475452 n.1795C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475475 n.1818C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475505 n.1848G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1475526 n.1869C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475531 n.1874C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475549 n.1892T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475573 n.1916G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475602 n.1945G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1475960 n.2303C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475975 n.2318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476086 n.2429G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1476516 n.2859G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrl 1476597 n.2940G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476608 n.2951C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476628 n.2971T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rpsA 1833787 c.246C>G synonymous_variant 0.14
rpsA 1833790 c.249T>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1833961 c.420C>G synonymous_variant 0.11
rpsA 1834357 c.816T>C synonymous_variant 0.1
rpsA 1834366 c.825A>G synonymous_variant 0.1
rpsA 1834633 c.1092A>G synonymous_variant 0.12
rpsA 1834639 c.1098T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834666 c.1125G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834667 p.Ala376Ser missense_variant 0.12
rpsA 1834690 c.1149T>C synonymous_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2155751 p.Gly121Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168246 c.2367C>A synonymous_variant 0.12
PPE35 2170568 p.Ile15Met missense_variant 0.94
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ahpC 2726269 p.Val26Gly missense_variant 0.17
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878336 p.Gly58Arg missense_variant 0.81
rpoA 3878575 c.-68C>T upstream_gene_variant 0.33
rpoA 3878630 c.-124delC upstream_gene_variant 1.0
rpoA 3878665 c.-158A>G upstream_gene_variant 0.13
clpC1 4038318 p.Pro796Leu missense_variant 0.91
clpC1 4039022 c.1683A>G synonymous_variant 0.13
clpC1 4039046 c.1659C>G synonymous_variant 0.12
embC 4242095 p.Ala745Thr missense_variant 0.88
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 0.11
aftB 4268627 c.210C>A synonymous_variant 0.13
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 0.1