Run ID: ERR6197025
Sample name:
Date: 02-04-2023 01:49:42
Number of reads: 2148077
Percentage reads mapped: 95.66
Strain: lineage4.7
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.7 | Euro-American (mainly T) | T1;T5 | None | 0.96 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 762989 | c.-381G>C | upstream_gene_variant | 0.12 |
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rpoC | 763022 | c.-348C>A | upstream_gene_variant | 0.13 |
rpoC | 763028 | c.-342T>C | upstream_gene_variant | 0.13 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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