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Run ID: ERR6197025

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:49:42

Number of reads: 2148077

Percentage reads mapped: 95.66

Strain: lineage4.7

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.7 Euro-American (mainly T) T1;T5 None 0.96
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
rpoC 762989 c.-381G>C upstream_gene_variant 0.12
rpoC 762995 c.-375G>T upstream_gene_variant 0.13
rpoB 763005 p.Cys1067Val missense_variant 0.13
rpoC 763013 c.-357C>A upstream_gene_variant 0.12
rpoC 763022 c.-348C>A upstream_gene_variant 0.13
rpoC 763028 c.-342T>C upstream_gene_variant 0.13
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472686 n.841G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473193 n.1348G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473198 n.1354delC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473202 n.1357C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473204 n.1359C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1473287 n.1442_1443delCC non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473292 n.1447G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473293 n.1448G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473305 n.1460G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476130 n.2473G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476200 n.2543A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476253 n.2596A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476262 n.2605G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476336 n.2679C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476369 n.2712C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476411 n.2754G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.81
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476442 n.2785T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476443 n.2786G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476455 n.2798C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476456 n.2799A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476463 n.2806C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrl 1476535 n.2878G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289200 c.42C>T synonymous_variant 0.97
Rv3083 3449138 p.Arg212Gln missense_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embB 4249732 c.3219C>G synonymous_variant 0.93
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0