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Run: ERR6197042
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Run ID: ERR6197042

Sample name:

Date: 02-04-2023 01:50:01

Number of reads: 37370

Percentage reads mapped: 12.3

Strain: lineage4.9

Drug-resistance: RR-TB

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.9 Euro-American (H37Rv-like) T1 None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31 streptomycin
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoC 764918 p.Val517Leu missense_variant 1.0
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472094 n.249T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472128 n.283G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472129 n.284G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472135 n.290C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472138 n.293C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472147 n.302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472153 n.308G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472210 n.365A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472498 n.653C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.78
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472668 n.825_829delGGGTT non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472675 n.830_831insAGAC non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472680 n.835C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473097 n.1252G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473099 n.1254T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474182 n.525C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474183 n.526T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474184 n.527C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474185 n.529delA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474197 n.540C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474200 n.545delT non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474253 n.596A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474263 n.606G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474269 n.612C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474476 n.819C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrl 1474496 n.839C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474497 n.840G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474507 n.850G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474558 n.901G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474584 n.927C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474801 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474802 n.1145T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474812 n.1155G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474831 n.1174A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474832 n.1175A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474864 n.1207C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474883 n.1226T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474901 n.1244A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475751 n.2094C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475752 n.2095C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475760 n.2103C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475764 n.2107A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475765 n.2108A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475767 n.2110G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475816 n.2159C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475817 n.2160A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475883 n.2226A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1475892 n.2235A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475896 n.2239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475897 n.2240T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1475900 n.2243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1475906 n.2249C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrl 1475937 n.2280A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrl 1475945 n.2288C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1475963 n.2306G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1475970 n.2313C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1475977 n.2320A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475978 n.2321C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475993 n.2336C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1475998 n.2341C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476001 n.2344T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476025 n.2368G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476215 n.2558C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476229 n.2572C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476245 n.2588C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476250 n.2593C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476252 n.2595T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476256 n.2599A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476257 n.2600G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476262 n.2605G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476298 n.2641C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476300 n.2643G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476301 n.2644A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476307 n.2650A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476309 n.2652G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.78
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