Run ID: SRR11349179
Sample name:
Date: 02-04-2023 20:54:49
Number of reads: 5054749
Percentage reads mapped: 83.34
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 | streptomycin |
fabG1 | 1673425 | c.-15C>T | upstream_gene_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
inhA | 1674782 | p.Ile194Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid, ethionamide |
pncA | 2289220 | p.Asp8Asn | missense_variant | 1.0 | pyrazinamide |
embB | 4247429 | p.Met306Val | missense_variant | 1.0 | ethambutol |
ethR | 4327831 | p.Ala95Thr | missense_variant | 0.98 | ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
mshA | 575907 | p.Ala187Val | missense_variant | 1.0 |
mshA | 576108 | p.Ala254Gly | missense_variant | 0.21 |
ccsA | 620625 | p.Ile245Met | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpoC | 763555 | c.186C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 764822 | p.Asp485Tyr | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 0.98 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776182 | p.Asp767Asn | missense_variant | 1.0 |
mmpS5 | 778979 | c.-74G>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472482 | n.637G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.18 |
rrs | 1472507 | n.662C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472545 | n.700A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.37 |
rrs | 1472579 | n.734G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472580 | n.735C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.32 |
rrs | 1472581 | n.736A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.35 |
rrs | 1472598 | n.753A>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
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embA | 4243460 | c.228C>T | synonymous_variant | 1.0 |
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gid | 4407927 | p.Glu92Asp | missense_variant | 1.0 |