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Run: SRR11972311

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Run ID: SRR11972311

Sample name:

Date: 03-04-2023 05:36:34

Number of reads: 137392

Percentage reads mapped: 86.35

Strain:

Drug-resistance: Pre-XDR-TB


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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
gyrA 7582 p.Asp94Gly missense_variant 1.0 ofloxacin, moxifloxacin, levofloxacin, fluoroquinolones, ciprofloxacin
rpoB 761155 p.Ser450Leu missense_variant 1.0 rifampicin
rpsL 781687 p.Lys43Arg missense_variant 1.0 streptomycin
rrs 1473246 n.1401A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
katG 2155168 p.Ser315Thr missense_variant 1.0 isoniazid
embB 4247429 p.Met306Val missense_variant 1.0 ethambutol
ethA 4327132 c.341delA frameshift_variant 0.25 ethionamide, ethionamide
pncA 2285508 c.-1503_*3172del transcript_ablation 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6735 p.Asn499Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8894 c.1593C>T synonymous_variant 0.33
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
gyrA 9472 p.Leu724Pro missense_variant 0.33
fgd1 490674 c.-109G>A upstream_gene_variant 0.2
fgd1 490870 p.His30Tyr missense_variant 0.29
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 764817 p.Val483Gly missense_variant 1.0
rpoC 765637 c.2268C>T synonymous_variant 0.2
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpL5 776293 p.Ala730Thr missense_variant 0.22
mmpR5 779168 p.Leu60Pro missense_variant 1.0
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1304672 p.Val581Ala missense_variant 0.18
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472085 n.240C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472086 n.241T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472089 n.244C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472094 n.249T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472102 n.257G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472378 n.533G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472400 n.555C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472570 n.725G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472573 n.728C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472579 n.734G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472591 n.746G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472665 n.820G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472669 n.824_825insTAGG non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1472695 n.850C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472854 n.1009G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472953 n.1109dupT non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472967 n.1122G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472970 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472971 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472973 n.1129_1130delAT non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472977 n.1132G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1473080 n.1235C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473161 n.1316A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473163 n.1318C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473164 n.1319C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473172 n.1327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473177 n.1332G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473205 n.1360T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473248 n.1403G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473249 n.1404T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1473255 n.1410A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473281 n.1436C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473282 n.1437C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473297 n.1452G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473316 n.1471C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473318 n.1473G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473327 n.1482A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473328 n.1483C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrl 1475574 n.1917C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476225 n.2568T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476268 n.2611A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476275 n.2618T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476297 n.2640C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476425 n.2768G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.85
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1476685 n.3028A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518227 p.Ala38Asp missense_variant 0.67
Rv2752c 3064942 p.Gln417Arg missense_variant 0.25
thyA 3074654 c.-183T>G upstream_gene_variant 0.33
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
rpoA 3878578 c.-71C>A upstream_gene_variant 1.0
embC 4240126 c.264C>T synonymous_variant 0.14
embC 4241414 p.Arg518Ser missense_variant 0.22
embC 4241470 c.1608C>T synonymous_variant 0.17
embC 4241502 p.Ser547Leu missense_variant 0.17
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4244511 p.Ile427Phe missense_variant 0.29
embB 4247202 p.Val230Asp missense_variant 0.4
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
ethA 4327334 p.Leu47Ser missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0