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Run: SRR11972434
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Run ID: SRR11972434

Sample name:

Date: 03-04-2023 05:42:14

Number of reads: 767481

Percentage reads mapped: 75.47

Strain: lineage2.2.1

Drug-resistance: Sensitive

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage2 East-Asian Beijing RD105 1.0
lineage2.2 East-Asian (Beijing) Beijing-RD207 RD105;RD207 0.99
lineage2.2.1 East-Asian (Beijing) Beijing-RD181 RD105;RD207;RD181 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 575907 p.Ala187Val missense_variant 1.0
mshA 576373 c.1026G>A synonymous_variant 0.12
ccsA 620625 p.Ile245Met missense_variant 1.0
rpoB 759620 c.-187A>C upstream_gene_variant 0.21
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 776182 p.Asp767Asn missense_variant 1.0
mmpR5 779048 p.Val20Ala missense_variant 0.27
mmpS5 779615 c.-710C>G upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781415 c.-145C>A upstream_gene_variant 0.13
rplC 801378 c.570C>T synonymous_variant 0.2
fbiC 1303016 p.Val29Gly missense_variant 0.36
Rv1258c 1406760 c.580_581insC frameshift_variant 1.0
embR 1416972 p.Ala126Ser missense_variant 0.13
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472112 n.267C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472541 n.696T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472544 n.699C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472557 n.712G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472579 n.734G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472734 n.889C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472741 n.896G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472767 n.922G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472779 n.934G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472781 n.936C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472786 n.941C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472793 n.948A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472803 n.958T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472827 n.982G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472958 n.1114delT non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472971 n.1126G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472975 n.1130T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472991 n.1146G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472992 n.1147A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473020 n.1175T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474228 n.571T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474232 n.575C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474239 n.582G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474249 n.592G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474252 n.595T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474768 n.1111C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474780 n.1123C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474790 n.1133C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474798 n.1141C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474804 n.1147C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474869 n.1212G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1474896 n.1239A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrl 1474902 n.1245T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1474913 n.1256T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1474920 n.1263G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474927 n.1271delC non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474931 n.1274G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474938 n.1281G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476295 n.2638C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476296 n.2639C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476297 n.2640C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.51
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476514 n.2857C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476573 n.2916A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rpsA 1834177 c.636A>C synonymous_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2169269 c.1344A>G synonymous_variant 0.17
PPE35 2169272 c.1341C>G synonymous_variant 0.18
PPE35 2170048 p.Leu189Val missense_variant 0.13
PPE35 2170053 p.Thr187Ser missense_variant 0.13
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289133 p.Glu37Lys missense_variant 0.14
folC 2746606 c.993C>T synonymous_variant 0.13
Rv2752c 3066087 c.105A>G synonymous_variant 0.18
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474723 c.717C>T synonymous_variant 0.12
Rv3236c 3612813 p.Thr102Ala missense_variant 1.0
clpC1 4038272 c.2432delG frameshift_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embA 4243460 c.228C>T synonymous_variant 1.0
embB 4246544 p.Thr11Pro missense_variant 0.19
aftB 4267647 p.Asp397Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0
gid 4407620 p.Tyr195His missense_variant 1.0
gid 4407927 p.Glu92Asp missense_variant 1.0