Run ID: SRR18002929
Sample name:
Date: 03-04-2023 19:10:18
Number of reads: 2867671
Percentage reads mapped: 87.3
Strain: lineage2.2.1
Drug-resistance: HR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage2 | East-Asian | Beijing | RD105 | 1.0 |
lineage2.2 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD207 | RD105;RD207 | 1.0 |
lineage2.2.1 | East-Asian (Beijing) | Beijing-RD181 | RD105;RD207;RD181 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.47 | streptomycin |
rrs | 1473246 | n.1401A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.86 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.14 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.12 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
ethA | 4326982 | c.491delC | frameshift_variant | 1.0 | ethionamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
fgd1 | 491742 | c.960T>C | synonymous_variant | 1.0 |
rpoC | 763031 | c.-339T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
mmpL5 | 776100 | p.Thr794Ile | missense_variant | 1.0 |
mmpS5 | 779615 | c.-710C>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406760 | c.580_581insC | frameshift_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472517 | n.672T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.4 |
rrs | 1472518 | n.673G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
rrs | 1472530 | n.685G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
rrs | 1472537 | n.692C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.75 |
rrs | 1472544 | n.699C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
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rrs | 1472566 | n.721G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.56 |
rrs | 1472571 | n.726G>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.62 |
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rpsA | 1834177 | c.636A>C | synonymous_variant | 1.0 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
katG | 2154724 | p.Arg463Leu | missense_variant | 1.0 |
PPE35 | 2167926 | p.Leu896Ser | missense_variant | 1.0 |
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embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
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gid | 4407588 | c.615A>G | synonymous_variant | 1.0 |
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