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Run: SRR21711124
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Run ID: SRR21711124

Sample name:

Date: 04-04-2023 03:08:02

Number of reads: 1997646

Percentage reads mapped: 96.4

Strain: lineage1.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage1 Indo-Oceanic EAI RD239 1.0
lineage1.1 Indo-Oceanic EAI3;EAI4;EAI5;EAI6 RD239 1.0
lineage1.1.3 Indo-Oceanic EAI6 RD239 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.93 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 6112 p.Met291Ile missense_variant 1.0
gyrA 7323 p.Pro8Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8452 p.Ala384Val missense_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491448 c.666C>T synonymous_variant 0.99
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576675 p.Arg443His missense_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763884 p.Ala172Val missense_variant 1.0
rpoC 763886 c.517C>A synonymous_variant 1.0
rpoC 765171 p.Pro601Leu missense_variant 1.0
rpoC 765230 p.Ala621Thr missense_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpL5 778099 p.Asp128Asn missense_variant 1.0
mmpS5 778581 p.Gly109Ser missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
embR 1417019 p.Cys110Tyr missense_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472164 n.319G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472177 n.332C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.81
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rrs 1472543 n.699_700delCA non_coding_transcript_exon_variant 0.74
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrs 1472596 n.751G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.93
rrs 1472598 n.753A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.96
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rrs 1472873 n.1028C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
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rrs 1472877 n.1032T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1472880 n.1035_1036insA non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrs 1472953 n.1108G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
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rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473110 n.1265T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.67
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rrs 1473131 n.1286G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473147 n.1302G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.82
rrs 1473148 n.1303G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.82
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rrs 1473260 n.1415G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
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rrs 1473291 n.1446G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473296 n.1451G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
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rrs 1473352 n.1507C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1473454 n.-204A>C upstream_gene_variant 0.13
rrl 1474839 n.1182C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474844 n.1187G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1474866 n.1209C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
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rrl 1474903 n.1246T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474904 n.1247G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1474920 n.1263G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1475716 n.2059A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.46
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rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.92
rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.92
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rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.9
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rrl 1476429 n.2772A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.88
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rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476538 n.2881A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476547 n.2890C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.63
rrl 1476572 n.2915G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrl 1476573 n.2916A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.47
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2167983 p.Gly877Asp missense_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ahpC 2726051 c.-142G>A upstream_gene_variant 1.0
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