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Run: SRR3675282
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Run ID: SRR3675282

Sample name:

Date: 04-04-2023 05:25:40

Number of reads: 355036

Percentage reads mapped: 60.0

Strain:

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.45 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
pncA 2288827 p.Val139Met missense_variant 0.4 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8864 c.1563C>T synonymous_variant 1.0
fgd1 491235 c.453C>T synonymous_variant 0.25
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
rpoB 759746 c.-61C>T upstream_gene_variant 1.0
rpoC 762434 c.-936T>G upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
mmpR5 779337 p.Asp116Glu missense_variant 0.29
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rplC 801400 p.Val198Ile missense_variant 0.67
fbiC 1303741 p.Ala271Ser missense_variant 0.18
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472494 n.649A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
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rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472597 n.752G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.54
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
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rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
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rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.45
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.46
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.47
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
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rrs 1473270 n.1425G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
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rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1473291 n.1446G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473294 n.1449A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473300 n.1455C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.29
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rrl 1474709 n.1053_1056delTGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1474717 n.1060_1061insGTGAG non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1476515 n.2858C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
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rrl 1476524 n.2867C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476534 n.2878_2879delGG non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rpsA 1833680 p.Asp47Tyr missense_variant 0.22
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
tlyA 1918274 p.Asp112Gly missense_variant 0.4
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168604 p.Pro670Leu missense_variant 1.0
PPE35 2168663 c.1950G>A synonymous_variant 0.22
PPE35 2169854 c.759T>G synonymous_variant 0.33
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
pncA 2289047 c.195C>T synonymous_variant 1.0
pncA 2289365 c.-125delC upstream_gene_variant 1.0
kasA 2519357 p.Arg415Ser missense_variant 0.18
eis 2714458 p.Asp292Gly missense_variant 0.33
eis 2715432 c.-100C>T upstream_gene_variant 0.25
eis 2715436 c.-104G>A upstream_gene_variant 0.25
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