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Run: ERR2514645
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Run ID: ERR2514645

Sample name:

Date: 31-03-2023 20:28:50

Number of reads: 2652336

Percentage reads mapped: 84.39

Strain: lineage4.3.4.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.3 Euro-American (LAM) mainly-LAM None 1.0
lineage4.3.4 Euro-American (LAM) LAM RD174 1.0
lineage4.3.4.1 Euro-American (LAM) LAM1;LAM2 RD174 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38 streptomycin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8879 c.1578C>G synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 762158 c.2352G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 762176 c.2370T>C synonymous_variant 0.12
rpoB 762177 p.Arg791Thr missense_variant 0.12
rpoB 762181 p.Asp792Ala missense_variant 0.13
rpoB 762185 c.2379G>C synonymous_variant 0.13
rpoB 762194 c.2388G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 764581 c.1212T>C synonymous_variant 0.12
rpoC 764582 p.Leu405Met missense_variant 0.12
rpoC 764611 c.1242G>T synonymous_variant 0.14
rpoC 764650 c.1281G>T synonymous_variant 0.12
rpoC 764995 c.1626C>G synonymous_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rpsL 781499 c.-61A>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472068 n.223T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472075 n.230A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472078 n.233C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.73
rrs 1472122 n.277G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472123 n.278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1472124 n.279C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472155 n.310C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.8
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.91
rrs 1472258 n.413A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472259 n.414C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1472507 n.662C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472513 n.668T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472517 n.672T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472518 n.673G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472537 n.692C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472544 n.699C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472545 n.700A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472549 n.704G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472566 n.721G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472579 n.734G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1472580 n.735C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472581 n.736A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472599 n.754G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472647 n.802C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472655 n.810G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1472658 n.813G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrs 1472686 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472687 n.842A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1472689 n.844C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472690 n.845C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.59
rrs 1472692 n.847T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472707 n.862A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1472716 n.871C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472742 n.897C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472790 n.945T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472824 n.979T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472825 n.980G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472828 n.983T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.6
rrs 1472895 n.1050C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1472954 n.1109T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.53
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.56
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrs 1472970 n.1125C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.62
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472988 n.1143T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1472992 n.1147A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrs 1473005 n.1160C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.88
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473080 n.1235C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473081 n.1236C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.69
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.89
rrs 1473101 n.1256C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.9
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.87
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.79
rrs 1473130 n.1285G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.57
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473148 n.1303G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473163 n.1318C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.61
rrs 1473172 n.1327T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrs 1473173 n.1328C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrs 1473192 n.1347A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473221 n.1376C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.74
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrs 1473262 n.1417T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473276 n.1431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrs 1473277 n.1432G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.49
rrs 1473301 n.1456T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.66
rrs 1473314 n.1469A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1473316 n.1471C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.64
rrs 1473319 n.1474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1473384 n.-274A>G upstream_gene_variant 0.25
rrl 1473777 n.120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474393 n.736A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474402 n.745T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474437 n.781_782delAA non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474448 n.791T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474467 n.810A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474508 n.851C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474527 n.870T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474542 n.885A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474615 n.958A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1474634 n.977T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474636 n.979A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474663 n.1006C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.83
rrl 1474666 n.1009T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1474672 n.1015C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1474676 n.1019T>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474677 n.1020A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.86
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rrl 1474692 n.1035G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1474706 n.1049G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1474717 n.1060A>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474734 n.1077G>A non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474824 n.1167A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474830 n.1173A>G non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1474903 n.1246T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
rrl 1474913 n.1256T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
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rrl 1475756 n.2099T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.75
rrl 1475761 n.2104C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475762 n.2105G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rrl 1475763 n.2106C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.5
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rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.67
rrl 1475767 n.2110G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.86
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.64
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rrl 1476359 n.2702C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.7
rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.68
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.71
rrl 1476429 n.2772A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.65
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.72
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.55
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.5
rpsA 1834345 c.804C>T synonymous_variant 0.11
rpsA 1834348 c.807T>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834354 c.813G>C synonymous_variant 0.12
rpsA 1834361 c.820T>C synonymous_variant 0.11
rpsA 1834375 c.834G>C synonymous_variant 0.1
rpsA 1834378 c.837T>C synonymous_variant 0.1
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
Rv1979c 2222854 p.Ile104Thr missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
thyA 3073868 p.Thr202Ala missense_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
Rv3236c 3612009 p.Ala370Thr missense_variant 1.0
clpC1 4038287 c.2418C>T synonymous_variant 1.0
clpC1 4039991 c.714G>A synonymous_variant 0.97
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 0.98
ethA 4326605 p.Asp290Gly missense_variant 1.0
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4408156 p.Leu16Arg missense_variant 1.0