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Run: ERR4627369
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Run ID: ERR4627369

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:33:31

Number of reads: 1405555

Percentage reads mapped: 82.72

Strain: La1.8.1

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.8 M.bovis None None 1.0
La1.8.1 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472733 n.888G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.15 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 8741 c.1440C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9217 p.Asp639Ala missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491340 c.562_563delGC frameshift_variant 0.1
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
mshA 576108 p.Ala254Gly missense_variant 0.25
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472088 n.243T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472151 n.306C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrs 1472155 n.314_315dupAC non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472160 n.315C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1472333 n.490dupA non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472338 n.493A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472344 n.499C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.44
rrs 1472379 n.534T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472382 n.537G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472528 n.683T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrs 1472571 n.726G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrs 1472598 n.753A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472616 n.771G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472669 n.824_825insTAG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472677 n.832C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472678 n.833T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472679 n.834_835insAC non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472684 n.841_846delGATCCG non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrs 1472697 n.852T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.58
rrs 1473053 n.1208T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
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rrl 1476603 n.2946G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476619 n.2962C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
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ndh 2102193 p.Arg284Trp missense_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
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