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Run: ERR4769404
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Run ID: ERR4769404

Sample name:

Date: 01-04-2023 06:39:16

Number of reads: 610521

Percentage reads mapped: 27.83

Strain: La1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
La1 M.bovis None None 1.0
La1.3 M.bovis None None 1.0
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
pncA 2289073 p.His57Asp missense_variant 1.0 pyrazinamide
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrB 5752 c.513G>A synonymous_variant 1.0
gyrA 6406 c.-896C>T upstream_gene_variant 1.0
gyrB 6446 p.Ala403Ser missense_variant 1.0
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 1.0
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 8285 c.984C>T synonymous_variant 1.0
gyrA 9143 c.1842T>C synonymous_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
fgd1 491742 c.960T>C synonymous_variant 1.0
ccsA 620084 p.Ala65Val missense_variant 0.14
rpoB 762086 c.2280G>C synonymous_variant 0.13
rpoC 763031 c.-339T>C upstream_gene_variant 1.0
rpoC 763573 c.204G>C synonymous_variant 0.12
rpoC 765751 c.2382C>T synonymous_variant 0.15
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
mmpL5 776100 p.Thr794Ile missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
fbiC 1302899 c.-32A>G upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471914 n.69A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1471918 n.73A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1471923 n.78T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471925 n.81delC non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1471931 n.87delA non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471934 n.89A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471938 n.93T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1471943 n.98T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472034 n.189T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472106 n.261G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472113 n.268T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrs 1472127 n.282C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472129 n.284G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472137 n.292G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrs 1472151 n.306C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrs 1472203 n.358G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472210 n.365A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472213 n.368G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1472215 n.370A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472225 n.380C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1472236 n.391C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472240 n.395G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472660 n.815T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472661 n.816A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1472697 n.852T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472713 n.868T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472714 n.869A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472744 n.899A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472936 n.1091C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472958 n.1113A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1472959 n.1114T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1472963 n.1118G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.23
rrs 1472973 n.1128A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.34
rrs 1472982 n.1137G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472987 n.1142G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472988 n.1143T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473002 n.1157G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473004 n.1159T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrs 1473008 n.1163C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473009 n.1164T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473044 n.1199C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1473051 n.1206T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473053 n.1208T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrs 1473062 n.1217T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1473068 n.1223A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1473082 n.1237G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrs 1473088 n.1243A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473099 n.1254T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473123 n.1278A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473129 n.1284C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1473830 n.173T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474506 n.849C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474517 n.860C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475699 n.2042C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475753 n.2096C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475764 n.2107A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475765 n.2108A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1475775 n.2118G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1475777 n.2120A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1475988 n.2331A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrl 1475997 n.2340A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476032 n.2375C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476033 n.2376T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1476046 n.2389G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476080 n.2423T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476086 n.2429G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476088 n.2431A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1476099 n.2442A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476103 n.2446C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476105 n.2450delA non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476110 n.2453G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476115 n.2458T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476131 n.2474C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476141 n.2484A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476153 n.2496T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476160 n.2503T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476164 n.2507A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476194 n.2537A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476196 n.2539C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
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rrl 1476201 n.2544C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
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rrl 1476212 n.2555T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476214 n.2557G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
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rrl 1476221 n.2564T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
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rrl 1476229 n.2572C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
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rrl 1476251 n.2594T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
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rrl 1476260 n.2603A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.48
rrl 1476280 n.2623A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476281 n.2624T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476293 n.2636C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1476294 n.2637A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
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rrl 1476297 n.2640C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.35
rrl 1476298 n.2641C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476300 n.2643G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1476301 n.2644A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476302 n.2645G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476309 n.2652G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrl 1476311 n.2654G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1476312 n.2655T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476313 n.2656G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1476332 n.2675G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476338 n.2681C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476353 n.2696G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.38
rrl 1476358 n.2701T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.4
rrl 1476372 n.2715T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.42
rrl 1476382 n.2725A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476383 n.2726T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476408 n.2751G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.37
rrl 1476425 n.2768G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.3
rrl 1476428 n.2771C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.52
rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrl 1476481 n.2824T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1476512 n.2855C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1476519 n.2862C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476523 n.2866T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476524 n.2867C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1476525 n.2868A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476530 n.2873C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476536 n.2879G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476537 n.2880A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476539 n.2882A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1476540 n.2883C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrl 1476567 n.2910C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1476577 n.2920T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476584 n.2927C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1476594 n.2937C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476728 n.3071T>C non_coding_transcript_exon_variant 1.0
inhA 1674347 p.Arg49His missense_variant 0.12
rpsA 1834859 p.Ala440Thr missense_variant 1.0
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
ndh 2103173 c.-132delG upstream_gene_variant 1.0
katG 2154724 p.Arg463Leu missense_variant 1.0
katG 2155503 c.609C>T synonymous_variant 1.0
katG 2156025 c.87C>A synonymous_variant 1.0
katG 2156465 c.-354C>T upstream_gene_variant 1.0
PPE35 2167926 p.Leu896Ser missense_variant 1.0
PPE35 2168011 p.Ser868Arg missense_variant 1.0
PPE35 2168814 c.1798dupA frameshift_variant 1.0
Rv1979c 2222308 p.Asp286Gly missense_variant 1.0
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
kasA 2518132 c.18C>T synonymous_variant 1.0
ald 3086728 c.-92C>T upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
ald 3087084 c.266delA frameshift_variant 1.0
Rv3083 3448783 p.Val94Ile missense_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
fprA 3474427 p.Val141Ile missense_variant 1.0
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clpC1 4038403 c.2302T>C synonymous_variant 1.0
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embC 4241384 p.Pro508Thr missense_variant 0.77
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embA 4244895 p.Thr555Ala missense_variant 0.1
embB 4246551 p.Asn13Ser missense_variant 1.0
embB 4246864 c.351C>T synonymous_variant 1.0
embB 4247646 p.Glu378Ala missense_variant 1.0
embB 4249640 c.3127T>C synonymous_variant 0.7
aftB 4267858 p.Ile327Val missense_variant 1.0
aftB 4269351 c.-515C>T upstream_gene_variant 1.0
ubiA 4269387 p.Glu149Asp missense_variant 1.0
aftB 4269606 c.-770T>C upstream_gene_variant 1.0
ethA 4326153 p.Arg441Cys missense_variant 0.13
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0
gid 4407588 c.615A>G synonymous_variant 1.0