Run ID: ERR4800297
Sample name:
Date: 20-10-2023 04:19:24
Number of reads: 2986436
Percentage reads mapped: 91.7
Strain: lineage4.1.1.3
Drug-resistance: Other
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|---|---|
Rifampicin | ||
Isoniazid | ||
Ethambutol | ||
Pyrazinamide | ||
Streptomycin | ||
Fluoroquinolones | ||
Moxifloxacin | ||
Ofloxacin | ||
Levofloxacin | ||
Ciprofloxacin | ||
Aminoglycosides | R | rrs n.1402C>A (0.26) |
Amikacin | R | rrs n.1402C>A (0.26) |
Capreomycin | R | rrs n.1402C>A (0.26) |
Kanamycin | R | rrs n.1402C>A (0.26) |
Cycloserine | ||
Ethionamide | ||
Clofazimine | ||
Para-aminosalicylic_acid | ||
Delamanid | ||
Bedaquiline | ||
Linezolid |
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.1 | Euro-American | T;X;H | None | 0.98 |
lineage4.1.1 | Euro-American (X-type) | X1;X2;X3 | None | 0.98 |
lineage4.1.1.3 | Euro-American (X-type) | X1;X3 | RD193 | 0.99 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rrs | 1473247 | n.1402C>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 0.99 |
gyrA | 7585 | p.Ser95Thr | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9304 | p.Gly668Asp | missense_variant | 1.0 |
rpoB | 759694 | c.-113C>T | upstream_gene_variant | 0.99 |
rpoC | 765150 | p.Gly594Glu | missense_variant | 0.97 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472150 | n.305T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472172 | n.327T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472952 | n.1107T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472955 | n.1110C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472956 | n.1111T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472957 | n.1112C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472973 | n.1128A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1472987 | n.1142G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472989 | n.1144G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1472990 | n.1145A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473035 | n.1190G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.43 |
rrs | 1473055 | n.1210C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1473056 | n.1211A>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.39 |
rrs | 1473066 | n.1221A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.41 |
rrs | 1473093 | n.1248C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrs | 1473100 | n.1255G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473102 | n.1257C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473104 | n.1259C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.28 |
rrs | 1473110 | n.1265T>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473111 | n.1266A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473115 | n.1270G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473121 | n.1276T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473122 | n.1277T>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473145 | n.1300C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473147 | n.1302G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.24 |
rrs | 1473164 | n.1319C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473166 | n.1321G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1473252 | n.1407T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473259 | n.1414C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.26 |
rrs | 1473276 | n.1431A>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.27 |
rrs | 1473301 | n.1456T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.29 |
rrl | 1475722 | n.2065G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 |
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rrl | 1476359 | n.2702C>G | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
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rrl | 1476466 | n.2809C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.2 |
rrl | 1476481 | n.2824T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.19 |
tlyA | 1917972 | c.33A>G | synonymous_variant | 1.0 |
PPE35 | 2168600 | c.2013G>A | synonymous_variant | 0.99 |
Rv1979c | 2223293 | c.-129A>G | upstream_gene_variant | 1.0 |
ald | 3086788 | c.-32T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
fprA | 3473996 | c.-11_-10insA | upstream_gene_variant | 1.0 |
embA | 4242643 | c.-590C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
embC | 4242803 | p.Val981Leu | missense_variant | 1.0 |
embB | 4249408 | c.2895G>A | synonymous_variant | 0.97 |
whiB6 | 4338595 | c.-75delG | upstream_gene_variant | 1.0 |