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Run: ERR4800297
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Run ID: ERR4800297

Sample name:

Date: 01-04-2023 09:43:21

Number of reads: 2986436

Percentage reads mapped: 91.7

Strain: lineage4.1.1.3

Drug-resistance: Other

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Drug resistance: This table reports drug-resistance associated mutations found in known resistance genes
Drug Resistance Supporting mutations
Lineage Table: The lineage is inferred by analysing lineage specific SNPs
Lineage Family Main Spoligotype RDs Frequency
lineage4 Euro-American LAM;T;S;X;H None 1.0
lineage4.1 Euro-American T;X;H None 0.98
lineage4.1.1 Euro-American (X-type) X1;X2;X3 None 0.98
lineage4.1.1.3 Euro-American (X-type) X1;X3 RD193 0.99
Drug resistance-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction Drugs
rrs 1472644 n.799C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.13 streptomycin
rrs 1473247 n.1402C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
rrs 1473329 n.1484G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14 kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin
Non-Associated Mutations: This table reports mutations found in candidate resistance genes which have not been associated with drug resistance
Gene Chromosome position Mutation Type Estimated fraction
gyrA 7362 p.Glu21Gln missense_variant 0.99
gyrA 7585 p.Ser95Thr missense_variant 1.0
gyrA 9304 p.Gly668Asp missense_variant 1.0
rpoB 759694 c.-113C>T upstream_gene_variant 0.99
rpoB 760982 c.1176G>C synonymous_variant 0.1
rpoB 760988 c.1182C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 760991 c.1185G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 760997 c.1191G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761006 c.1200C>G synonymous_variant 0.12
rpoB 761015 c.1209G>C synonymous_variant 0.12
rpoB 761027 c.1221A>C synonymous_variant 0.13
rpoB 761036 c.1230G>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761037 c.1231T>C synonymous_variant 0.16
rpoB 761054 c.1248G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761057 c.1251G>C synonymous_variant 0.11
rpoB 761060 c.1254C>G synonymous_variant 0.11
rpoB 761063 c.1257C>G synonymous_variant 0.11
rpoC 765150 p.Gly594Glu missense_variant 0.97
mmpL5 775639 p.Ile948Val missense_variant 1.0
rpsL 781395 c.-165T>C upstream_gene_variant 1.0
rrs 1471659 n.-187C>T upstream_gene_variant 1.0
rrs 1472108 n.263C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrs 1472150 n.305T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472172 n.327T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1472251 n.406G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrs 1472530 n.685G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472558 n.713G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472569 n.724G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472581 n.736A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrs 1472584 n.739A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrs 1472607 n.762G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrs 1472655 n.810G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrs 1472952 n.1107T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472955 n.1110C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472956 n.1111T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472957 n.1112C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472973 n.1128A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1472987 n.1142G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472989 n.1144G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1472990 n.1145A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473035 n.1190G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.43
rrs 1473055 n.1210C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473056 n.1211A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.39
rrs 1473066 n.1221A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.41
rrs 1473093 n.1248C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473100 n.1255G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473102 n.1257C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473104 n.1259C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrs 1473110 n.1265T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473111 n.1266A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473115 n.1270G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473121 n.1276T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473122 n.1277T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473145 n.1300C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473147 n.1302G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrs 1473164 n.1319C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473166 n.1321G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.22
rrs 1473252 n.1407T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473259 n.1414C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.26
rrs 1473276 n.1431A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.27
rrs 1473301 n.1456T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrs 1473315 n.1470T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474218 n.561T>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474249 n.592G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.29
rrl 1474266 n.609T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.21
rrl 1474281 n.624A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474287 n.631_640delCCTTTTCCTC non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474299 n.642C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.17
rrl 1474302 n.646_653delAGGAGGGT non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474316 n.659T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474348 n.691C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474351 n.694G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474353 n.696A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474354 n.697C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474356 n.699T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1474362 n.705A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474387 n.730C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474406 n.749T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.11
rrl 1474488 n.831G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474498 n.841G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474505 n.848C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474516 n.859C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474529 n.872A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.36
rrl 1474530 n.873G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1474537 n.880G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474539 n.882C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474540 n.883T>G non_coding_transcript_exon_variant 0.28
rrl 1474583 n.926C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.24
rrl 1474632 n.975G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474636 n.979A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474637 n.980C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474638 n.981C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474639 n.982G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474723 n.1066G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1474734 n.1077G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.18
rrl 1474736 n.1079C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.25
rrl 1474749 n.1092C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474751 n.1094G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474753 n.1097delC non_coding_transcript_exon_variant 0.2
rrl 1474760 n.1103A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474777 n.1120T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474779 n.1122G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474782 n.1125G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1474783 n.1126G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474794 n.1137C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1474823 n.1166C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
rrl 1474827 n.1170C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474830 n.1173A>T non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1474831 n.1174A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475722 n.2065G>T non_coding_transcript_exon_variant 0.33
rrl 1475758 n.2101A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.31
rrl 1475766 n.2109G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475769 n.2112T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.32
rrl 1475869 n.2212C>A non_coding_transcript_exon_variant 0.19
rrl 1475881 n.2224T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.13
rrl 1475883 n.2226A>C non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475884 n.2227A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.1
rrl 1475898 n.2241A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.15
rrl 1475899 n.2242G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475916 n.2259C>G non_coding_transcript_exon_variant 0.12
rrl 1475943 n.2286G>A non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1475952 n.2295A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.14
rrl 1476224 n.2567A>G non_coding_transcript_exon_variant 0.16
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rrl 1476381 n.2724G>C non_coding_transcript_exon_variant 0.25
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rrl 1476466 n.2809C>T non_coding_transcript_exon_variant 0.2
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rrl 1476506 n.2849T>C non_coding_transcript_exon_variant 0.12
tlyA 1917972 c.33A>G synonymous_variant 1.0
PPE35 2168600 c.2013G>A synonymous_variant 0.99
Rv1979c 2223293 c.-129A>G upstream_gene_variant 1.0
ald 3086788 c.-32T>C upstream_gene_variant 1.0
fprA 3473996 c.-11_-10insA upstream_gene_variant 1.0
clpC1 4039850 c.855T>C synonymous_variant 0.1
clpC1 4039865 c.840T>C synonymous_variant 0.11
clpC1 4039875 p.Asn277Arg missense_variant 0.1
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clpC1 4039916 c.789T>C synonymous_variant 0.12
embA 4242643 c.-590C>T upstream_gene_variant 1.0
embC 4242803 p.Val981Leu missense_variant 1.0
embB 4249408 c.2895G>A synonymous_variant 0.97
whiB6 4338595 c.-75delG upstream_gene_variant 1.0