Run ID: ERR4815193
Sample name:
Date: 01-04-2023 13:43:29
Number of reads: 1474416
Percentage reads mapped: 65.75
Strain: lineage4.8
Drug-resistance: MDR-TB
Drug | Resistance | Supporting mutations |
---|
Lineage | Family | Main Spoligotype | RDs | Frequency |
---|---|---|---|---|
lineage4 | Euro-American | LAM;T;S;X;H | None | 1.0 |
lineage4.8 | Euro-American (mainly T) | T1;T2;T3;T5 | RD219 | 1.0 |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction | Drugs |
---|---|---|---|---|---|
rpoB | 761155 | p.Ser450Leu | missense_variant | 1.0 | rifampicin |
rpsL | 781687 | p.Lys43Arg | missense_variant | 1.0 | streptomycin |
rrs | 1472733 | n.888G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.88 | streptomycin |
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rrs | 1473329 | n.1484G>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.33 | kanamycin, capreomycin, aminoglycosides, amikacin |
katG | 2155168 | p.Ser315Thr | missense_variant | 1.0 | isoniazid |
pncA | 2288808 | c.433delG | frameshift_variant | 1.0 | pyrazinamide |
Gene | Chromosome position | Mutation | Type | Estimated fraction |
---|---|---|---|---|
gyrA | 7362 | p.Glu21Gln | missense_variant | 1.0 |
gyrA | 9432 | p.Leu711Met | missense_variant | 1.0 |
ccsA | 620358 | c.468C>T | synonymous_variant | 1.0 |
rpoB | 761593 | p.Ala596Gly | missense_variant | 1.0 |
rpoC | 762938 | c.-432G>C | upstream_gene_variant | 0.13 |
rpoC | 763570 | c.201G>C | synonymous_variant | 0.11 |
rpoC | 763696 | c.327T>C | synonymous_variant | 0.15 |
rpoC | 763708 | c.339G>C | synonymous_variant | 0.14 |
rpoC | 763819 | c.450G>A | synonymous_variant | 0.12 |
mmpL5 | 775639 | p.Ile948Val | missense_variant | 1.0 |
rpsL | 781395 | c.-165T>C | upstream_gene_variant | 1.0 |
Rv1258c | 1406631 | p.Ala237Val | missense_variant | 1.0 |
rrs | 1471659 | n.-187C>T | upstream_gene_variant | 1.0 |
rrs | 1472106 | n.261G>A | non_coding_transcript_exon_variant | 0.22 |
rrs | 1472108 | n.263C>T | non_coding_transcript_exon_variant | 0.44 |
rrs | 1472113 | n.268T>C | non_coding_transcript_exon_variant | 0.17 |
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